El palacio Lili se ha utilizado como caserío desde el siglo XVIII y en su interior se han hecho muchos cambios para adaptarlo a las necesidades de cada época, pero la falta de mantenimiento lo sitúa al borde del derrumbe.

En el año 2000 los últimos inquilinos abandonaron el palacio y el Ayuntamiento de Zestoa asumió la titularidad del edificio para evitar su desaparición, dejando más tarde los trabajos de su restauración y gestión en manos de la Fundación Ekain.