XVIII. mendetik Lili jauregia baserri bezala erabili da eta garai bakoitzeko beharretarako egokitzeko eraldaketa ugari egin dira bere barruan, baina mantenu faltak erortzeko arriskuan jartzen du.

2000. urtean, azken maizterrek jauregia utzi zuten eta Zestoako Udalak eraikinaren titularitatea bere gain hartu zuen bere desagerpena saihesteko, beranduago zaharberritze lanak eta kudeaketa Ekain Fundazioaren esku utziz.