Ils se mirent à chercher une grotte dans les environs et c’est le maître de maison de la ferme Sastarrain qui les conduisit dans un refuge de 13 mètres à peine. Le 8 juin, ils se mirent à chercher des vestiges d’occupation humaine dans cet espace. Rafael sentit un courant d’air froid venant d’une cavité. Ils enlevèrent les blocs de pierre qui gênaient le passage et rampèrent à quatre pattes dans une galerie étroite. En se mettant debout, ils comprirent aux craquements du sol qu’ils foulaient un terrain vierge. À 60 mètres environ de l’entrée, ils se trouvèrent face au grand panneau de chevaux, un groupe pictural que l’ethnologue, archéologue et historien français André Leroi-Gourhan qualifia de “l’ensemble de chevaux le plus parfait de l’Art quaternaire”.

Le dimanche même, ils informèrent les membres de la section de Préhistoire de la Société des Sciences Aranzadi de leur découverte. José Miguel Barandiaran et Jesús Altuna arrivèrent le lendemain à la grotte appelée Ekain 1. Après avoir étudié les œuvres d’art rupestre sur ses murs, ils attestèrent qu’elles dataient de 13 000-14 000 ans, à la fin du Paléolithique supérieur, plus précisément de la période culturelle appelée Magdalénienne supérieure.
C’est alors que fut mise en place l’initiative pour la protection de la grotte Ekain et ses peintures. À l’issue de nombreuses discussions complexes avec différentes autorités et institutions, Ekain fut fermée en juin 1969. L’on gagna ainsi du temps pour étudier ses images et le site archéologique.

Depuis la découverte de la grotte, une documentation exhaustive a été écrite. Consultez la bibliographie existante sur Ekain.