Los arqueólogos tuvieron claro desde un principio la necesidad de proteger y conservar ese patrimonio de arte rupestre y la cueva de Ekain nunca ha estado abierta para un público general, gracias a ello, su arte rupestre se encuentra a salvo.
La Sociedad de Ciencias Aranzadi, con la que colaboraban los miembros de la Asociación Cultural Antxieta, llevó a cabo un programa muy restringido de visitas guiadas, que dio la oportunidad de conocer la cueva de Ekain a un grupo muy reducido de personas. No obstante, había que difundir ese patrimonio artístico a la sociedad y surgió la idea de construir una réplica de la cueva de Ekain.
Esa idea fue tomando cuerpo a lo largo del tiempo y se empezó a construir la estructura física de esa réplica, pero entonces se vio la necesidad de una estructura jurídica para gestionar su día a día.
Con ese objetivo surgió en 2004 la Fundación Ekain Fundazioa, entidad formada por la Diputación Foral de Gipuzkoa, el Gobierno Vasco y el Ayuntamiento de Zestoa. Según el Boletín Oficial de Euskadi, fue registrada el 5 de septiembre de 2005 en el Registro de Fundaciones del País Vasco, siendo desde entonces la encargada de la gestión de Ekainberri.
